Fue creado el 10 de octubre de 1855 sobre la base de las colecciones científicas de José Fontenau y Francisco Founier, siendo designado como primer director el naturalista Amado Bonpland.
La muestra permanente del patrimonio del museo está compuesta por colecciones de vertebrados, geología e invertebrados de la región.
En agosto de 2017, conmemorándose el Bicentenario del regreso del naturista a América, el museo más antiguo de la provincia estrenó su nueva sede en la Costanera General San Martín.

Horario: de martes a viernes de 8 a 19 hs. Sábados y domingos de 9 a 12 y de 16 a 19 hs.
Entrada libre y gratuita.